Di origini greco-irlandesi, Eugenides nasce nel 1960 a Detroit, nel Michigan. Dopo la laurea alla Brown University e un master in scrittura creativa alla Stanford University, nel 1986 pubblica il suo primo racconto Here Comes Wiston, Full of the Holy Spirit, che vince l'Academy of Motion Picture Arts and Sciences “Nicholl Fellowship”. Nel 1993 il suo primo romanzo The Virgin Suicides (Le vergini suicide) diventa un successo internazionale in seguito all’adattamento cinematografico realizzato nel 1999 da Sofia Coppola e da allora è stato tradotto in quindici lingue. Il secondo romanzo, Middlesex (2002), vince il Premio Pulitzer nel 2003 e l’Ambassador Book Award. Nel 2011 Eugenides pubblica The Marriage Plot (La trama del matrimonio), finalista al National Book Critics Circle Award per la narrativa. Dal 2007 insegna Scrittura creativa presso l’Università di Princeton, dove vive con la moglie, la fotografa e scultrice Karen Yamauchi, e la figlia Georgia.