Michael Cunningham è nato a Cincinnati, Ohio, e cresciuto a La Cañada, in California. Il suo romanzo Una casa alla fine del mondo  è stato pubblicato con grandissimo successo nel 1990 e ne è stato tratto un film diretto da Michael Mayer e intepretato da Colin Farrell, Robin Wright Penn, Dallas Roberts e Sissy Spacek. Un altro romanzo, Carne e sangue, è seguito nel 1995 e sta per essere adattato in una miniserie per Showtime. Nel 1999 ha vinto il premio Pulitzer ed il PEN/Faulkner Award per il romanzo Le ore, adattato con successo per il cinema dal regista Stephen Daldry, con Julianne Moore, Nicole Kidman e Meryl Streep.
Nel 2005 è stato pubblicato il suo ultimo romanzo Giorni memorabili. I suoi lavori sono presenti in numerose pubblicazioni.